El seu cos sense vida va ser trobat al fons d’una mina de Sant Julià. En el moment de la seva mort tenia 31 anys.

Tot i que les investigacions portades a terme varen concloure que s'havia tractat d’un accident fortuït, varen córrer diferents versions sobre les circumstàncies de la seva mort i el rumor més estès va ser que l’havien mort.

Joan Bonmatí Masachs era el pare de Manuel Bonmatí, el fundador de la colònia, i va néixer al mas Bonmatí l'any 1835. Es va casar amb Joaquima de Cendra i, en el moment de la seva mort, tenia tres fills i quatre filles i la seva esposa esperava una criatura, que va ser una nena i va néixer aquell mateix any.