Manuel Bonmatí de Cendra va idear la construcció d’un cementiri per poder donar sepultura als residents de la colònia, com a continuació del seu projecte constructiu. Fins llavors els difunts s’havien d'enterrar al cementiri de Constantins, que a tots els efectes era la parròquia a la qual pertanyien els habitants de la zona.
El 9 de juliol del 1908 Manuel Bonmatí va rebre l'autorització del Bisbat de Girona perquè a la capella que hi havia adossada a la seva casa s'hi poguessin exercir les funcions pròpies d'una parròquia.
A partir d’aquesta data, es varen poder obrir llibres eclesiàstics i oficiar tota mena de cerimònies, ara bé faltava un lloc sant, un cementiri, dins del terme de la colònia per poder enterrar els difunts i no haver d’anar fins al cementiri de Constantins, per això Manuel Bonmatí va demanar els permisos oportuns per poder-lo portar a terme.
El desembre del 1913, el capellà de la colònia, que en aquells moments era Mn. Artur Rovira, va adreçar una instància a l’alcalde d’Amer, en qualitat de president de la Junta de Sanitat, demanant que informés favorablement a la petició de construcció d’un cementiri. (Vegeu Colònies (i veïnats) industrials de la Selva, de Xavier Martí i Ylla.)
L’arquitecte provincial va dir amb relació al cementiri, segons consta a l’informe del Govern Civil tramès a la Comissió Provincial el 3 de juliol d’aquell any i que està dipositat al Fons de la Diputació de l’Arxiu Històric de Girona:
Se halla a unos 600 metros existiendo casas aisladas a menor distancia, en dirección contraria a los vientos reinantes en la localidad a mayor altura que el pueblo; estará apartado de corrientes de agua y manantiales y la naturaleza del terreno bastante impermeable no puede producir filtraciones a aquella; la composición del terreno es silicio aluminoso y calizo de fondo suficiente para los enterramientos.
També resulta interessant, sobre la composició de l’expedient per sol·licitar el cementiri, l'escrit següent:
Resultando que en el expediente figuran los documentos siguientes: Memoria y Plano según el cual el cementerio se emplazará en un terreno cedido por D. Manuel de Bonmatí que reúne las condiciones legales, contraria de las dependencias necesarias, atendiendo la poca importancia del pueblo y el presupuesto ascenderá a 6.921,02 pesetas. 2.º informe firmado por D. Carlos de Centra Terradas y Celestino Roig Prats, inspectores municipales de sanidad, quienes aseveran que el cementerio que se proyecta construir tendrá todas las condiciones higiénicas y de capacidad que se requieren. 3.º certificación del Capellán de la referida Colonia, D. Antonio Rovira, relativa a las defunciones ocurridas en el pueblo en los últimos 10 años según la que por término medio han ocurrido 10 y 3 décimas entre párvulos y adultos; 4.º acuerdo de la Junta Municipal de Sanidad de Amer aprobando en todas sus partes el proyecto e informando que el nuevo cementerio es más que suficiente para que durante el espacio de veinte años no se tengan que remover los restos mortales, y 5º afirmación del mencionado Rdo. Arturo Rovira, de haber adquirido el terreno suficiente para el emplazamiento del meritado cementerio y compromiso de sufragar todos los gastos que su construcción reporte.
La construcció es preveia que havia d'ocupar una superfície de 2.160 metres quadrats amb una àrea destinada a enterraments de 1.008 metres quadrats, essent la resta per a murs, nínxols i altres dependències.
El dia 8 d’agost del 1914, amb la construcció del cementiri en curs, mor Manuel Bonmatí de Cendra, que va esdevenir el primer difunt que es va poder enterrar al nou cementiri. Ara bé, no va ser fins al 1918, però, que no s’hi va poder enterrar cap persona del poble, i el primer va ser Isidre Pigem, la família del qual ha continuat posseint el títol del nínxol número 1 del cementiri.
A partir d’aquell moment el cementiri va funcionar com a cementiri de la colònia, i del poble posteriorment, tot i que va continuar sent propietat particular de la família Bonmatí.
En el temps de la Segona República, si bé sembla que al cementiri no s'hi va acabar aplicant la llei de 30 de gener de 1932 de secularització per la qual tots els cementiris passaven a ser propietat municipal, sí que va passar a ser col·lectivitzat l'any 1936, juntament amb totes les altres propietats rústiques i urbanes de Josep Maria Bonmatí. Segons consta en el certificat de l’Ajuntament d’Amer de data de 5 de gener de 1937 en relació amb les confiscacions practicades el dia 14 de setembre de 1936, “...acorden la incautació total del béns que posseeix l’esmentat Josep M. Bonmatí i Pujol en tota la jurisdicció del comitè antifeixista d’aquesta població”.
El 1939, un cop acabada la guerra, les propietats varen ser retornades a la família Bonmatí i, per tant, el cementiri també, que va continuar sent de propietat privada fins que va passar a ser municipal, el 1983, l'any que Bonmatí i Sant Julià van segregar-se d'Amer.