Quan es produeix l’anomenat "Alzamiento Nacional", es crea a Catalunya el Comitè Central de Milícies Antifeixistes i a totes les poblacions es forma un comitè antifeixista. A Bonmatí també se'n va constituir un. De fet, se’n van formar dos: el primer, el 21 de juliol del 1936, va optar sobretot per evitar conflictes i les persecucions i els excessos que se sentien de pobles veïns. Aquest comitè estava presidit per Gregori Labayen, director de la paperera Torras Domènech.
Al cap de poc, però, aquest comitè va ser abolit en considerar-se'l feixista i se’n va formar un altre, liderat per Eusebi Ferragut Benet.
A partir d’aquest moment i fins a finals d’agost, es fan destrosses a l’església i es crema tot el que sembli que pugui tenir a veure amb la religió. Les destrosses de l’església les porta a terme el comitè antifeixista, però la crema d’objectes obliguen a realitzar-la a gent catòlica que freqüentava l’església. A conseqüència d’això els llavors mossens del poble, Arseni i Martí Griera, busquen refugi a cal Fuster de Constantins.
Benet Valentí descriu:
Va durar més d’un mes que els pobles governats per aquesta gent eren un desordre, el comitè tenia les armes i els satèl·lits del capitost de Bonmatí presumien com tropes amb la pistola a la cintura. De seguida va posar uns controls a la carretera abans d’entrar al pont, on feien aturar i identificar a tothom. Deixaven un pas format per bales de cotó on hi passava just un vehicle. Van imposar a tothom a entregar les imatges i objectes religiosos que tenien a les seves cases i als considerats de dretes amb més possibilitats els imposaven pagament especials per al manteniment del comitè.
A les nits, van començar els anomenats “passeigs”, que consistien en anar a buscar certes persones a casa seva que acabaven corrent el risc de ser trobades l'endemà assassinades en qualsevol lloc amb un tret al cap.
Els mossens Arseni i Martí Griera, que van ser trobats morts el dia 8 d’agost a prop de Fornells, i el propietari Josep Massana, assassinat el dia 29 de setembre, varen ser víctimes d'aquestes incursions.
A finals del mes de juliol o a primers d’agost, va ser detingut un gitano rodamon que havia robat unes mantes i un despertador de can Bonmatí. El van tenir uns quants dies retingut al comitè, fins que va ser trobat mort en un revolt de la carretera de les Serres.
El 9 d’octubre, el govern de la Generalitat recupera la iniciativa política i dissol els comitès i es creen unes conselleries o ajuntaments. La conselleria de Bonmatí estarà subjecta a la d’Amer, que es constitueix el dia 28 d’octubre. Els representants nomenats per Bonmatí eren: Joan Serramitja Ribas, Fèlix Fornès Farró i Eusebi Ferragut Benet.
També a primers d’octubre, un capvespre corre l’alarma que l’exèrcit contrari es prepara per desembarcar a Roses. En poques hores s’organitza la sortida de dos camions d’en Barnadas amb gent de Bonmatí armada per tal d’aturar els invasors. Tal intent no va passar de l’alarma.
És llavors, també, quan els primers voluntaris surten cap al front d’Aragó.
Els aparells de ràdio, tot i que escassos, són confiscats pel comitè per tal d’evitar que la gent pugui escoltar els missatges de l’altre bàndol.
Comencen a escassejar els aliments i les matèries principals a les indústries. Sorgeixen les primeres targetes de racionament, primer per al pa i després per a altres queviures, com l'oli, el sucre, els llegums... Apareix també la targeta de racionament per al tabac, que els no fumadors aprofiten també per fer intercanvi entre diverses matèries i el tabac. Amb tot això apareix un mercat negre que aviat prendrà el nom d’estraperlo.
Les empreses Torras Domènech, H. de V. Casacuberta, J.J. Padrosa i Indústries Elèctriques Bonmatí, passen a ser col·lectivitzades i regides pels treballadors.
La família H. de V. Casacuberta i la família Torras Domènech es traslladen a Barcelona, ciutat on també passarà tota la guerra la família Bonmatí.
Els béns de la família Bonmatí són confiscats. El certificat que va emetre el 5 de gener del 1937 Pere Canal Darnier com a secretari del Consell Municipal de la vila d’Amer en relació amb les confiscacions portades a terme en data 14 de setembre de 1936, assenyala:
CERTIFICO: Que en aquesta Secretaria obra arxivada una Acta que copiada literalment diu el que segueix: En el poble de Bonmatí del municipi d’Amer, reunits els elements que componen el Comitè Antifeixista, representants dels partits i organitzacions sindicals coaligats en la lluita contra el feixisme, P.O.U.M. - C.N.T. – U.G.T., acorden: Atesa la significació monàrquica tradicionalista del veí d’aquesta població Josep Maria Bonmatí Pujol, a bastament coneguda de tothom, la qual cosa fa que se’l pugui considerar manifestadament contrari al nou estat revolucionari i amic encobert del feixisme; que tenint en compte el precedent de que dit veí ha desempenyat el càrrec de diputat provincial havent-se representat en dites eleccions amb la significació de tradicionalista; que en totes les eleccions que ha tingut lloc en aquesta població s’ha manifestat, no solament contrari a les candidatures de significació republicana i obrera, sinó que ha treballat, abusant de la seva situació de terratinent potentat, en pro de les candidatures dels partits que vull lluiten amb el feixisme subversiu per anorrear les llibertats i reivindicacions dels treballadors; que ha posat en tot moment la seva hisenda al servei dels enemics de la classe productora; que ha fomentat econòmicament associacions d’accentuat caire catòlic-capitalista; que després del criminal moviment del 19 de juliol no ha rectificat la seva posició política posant-se al costat dels que lluiten contra la reacció i a disposició del Comitè local, sinó que s’ha mantingut en una situació allunyada i expectativa, és a dir, contra revolucionari; que havent-li estat imposada per aquest Comitè un impost de guerra de 5.000 pessetes, el qual impost no va ésser satisfet, al·legant no posseir dita quantitat; que dit veí ha desempenyat el càrrec de Quefe de la Guardia ciutadana d’aquesta població durant el bieni negre; y que considerant que les noves necessitats imposen que les finques urbanes i rústiques que posseeix dit veí sien col·lectivitzades; ACORDEN LA INCAUTACIÓ TOTAL DELS BENS QUE POSSEIX L’ESMENTAT JOSEP MARIA BONMATÍ PUJOL EN TOTA LA JURISDICCIÓ DEL COMITÈ ANTIFEIXISTA D’AQUESTA POBLACIÓ. A tots aquests béns se’ls donarà la finalitat adequada en el seu dia. Així mateix s’acorda fer inventari detallat de tots els mobles i objectes de valor que es trobin. Tots els acords són presos per unanimitat i s’acorda aixecar la present acta que firmen i segellen a Bonmatí 14 de setembre de 1936.
La casa dels Bonmatí serà emprada com a escola mixta que portaran el nom de “Grup Escolar Dídac Tarradell”.
A principis de 1937 arriben a la colònia una dotzena de refugiats que hi passaran la guerra i viuran en diferents cases particulars.
Durant aquests anys, en l’alimentació hi tindrà un paper molt important la Cooperativa, que en ser una entitat social gaudeix d’uns drets per proveir que recauen en favor dels associats, que a la fi són els treballadors.
A principis de l’any 1937 arriben del Front d’Aragó noticies de les primeres baixes de combatents de Bonmatí.
El govern crida a files les lleves de reserva i, més tard, es fa la mobilització general, que comprèn des dels 17 fins als 40 anys. Alguns no es presenten a la crida i s’organitzen clandestinament grups que deserten per la frontera i passen a França. Alguns, pocs, simpatitzaven amb el general Franco, però, de fet, la gran majoria eren indiferents a la política i l'única cosa que pretenien era evitar anar a la guerra.
A Bonmatí, igual que en altres pobles, es comencen a demanar responsabilitats als familiars dels desertors. Així són detinguts i empresonats alguns d’ells sense respectar l’edat i el sexe.
La moneda perd valor i la plata i el coure és substituït per paper. Els ajuntaments locals, per solucionar la falta de moneda fraccionària, posen en circulació paper moneda. A la colònia serà de curs legal l'emesa pel Consell Municipal d’Amer.
Es mira d'aprofitar tot el metall necessari per fer armament bèl·lic i, a tal fi, es retiren les campanes de les esglésies, i entre elles les de Bonmatí.
Les filatures d'H. de Vicente Casacuberta, per ordre governativa, són desmantellades per ser convertides en fàbriques de material de guerra. La Paperera Torras continuarà fabricant, ja que és la principal proveïdora de la Generalitat.
Al final de l’any 1938 són cridats a incorporar-se a l’exèrcit de la República els nois del poble que tot just havien complert 17 anys.
Això, però, ja són els últims espetecs de la guerra i cada dia es veu més clar qui serà el seu desenllaç.